Para sa maraming mga may-ari ng iPhone at iPad, kailangang i-synchronize ang data ng aparato upang makipagpalitan ng mga contact, nilalaman ng library, atbp. Mayroong dalawang mga pagpipilian sa pag-synchronize: wireless at cable.
Ang iPhone at iPad ay awtomatikong na-synchronize gamit ang iTunes. Ang pinakamalaking kahirapan ay kapag ikinonekta mo ang parehong mga aparato, lahat ng mga contact, programa at media file na naglalaman ng mga ito ay isasama. Kung susubukan mong tanggalin ang isang file, mabubura ito mula sa parehong mga aparato nang sabay-sabay.
Upang malutas ang problemang ito, kailangan mong lumikha ng magkakahiwalay na mga aklatan para sa iPhone at iPad sa iTunes. Una, kailangan mong ikonekta ang isang aparato, lumikha ng isang library para dito, at pagkatapos ay isara ang programa. Pagkatapos nito, kailangan mong ilunsad muli ang iTunes habang pinipigilan ang Pagpipilian para sa MAC o Shift para sa Windows. Magbubukas ang programa sa isang panukala upang lumikha ng isang bagong silid-aklatan. Dapat kang sumang-ayon, ikonekta ang pangalawang aparato at magsabay dito. Pagkatapos nito, maaari mong malayang ilipat ang mga file mula sa isang silid-aklatan patungo sa isa pa.